Calculadora de peso molecular de proteínas
Pega una secuencia de proteína o péptido en código de una o de tres letras para obtener su peso molecular en daltons y kilodaltons, la masa monoisotópica, el pI teórico, la carga neta, el coeficiente de extinción a 280 nm, la fórmula molecular y la composición de aminoácidos.
Última actualización:
Composición de aminoácidos
Carga neta frente a pH
Concentración a partir de A280
Cómo usar Calculadora de peso molecular de proteínas
- Pega la secuencia en código de una letra (simple o FASTA) o cambia a la entrada de 3 letras para secuencias como Tyr-Gly-Gly-Phe.
- Elige masa media o monoisotópica. Usa la masa media para SDS-PAGE y trabajo en solución, y la monoisotópica para espectrometría de masas de alta resolución.
- Lee los resultados: el peso molecular, el pI, la carga neta al pH elegido, el coeficiente de extinción y la fórmula se actualizan al instante.
- Introduce una lectura de A280 para convertir la absorbancia en mg/mL y µM con el coeficiente de extinción calculado.
- Copia los resultados o descarga la composición de aminoácidos en CSV.
Fórmulas utilizadas
- Peso molecular:
PM = Σ (cantidad × masa de residuo) + 18.01524 Da(media) o+ 18.010565 Da(monoisotópica). Las masas de residuo se indican más abajo. - Carga neta a un pH: cada grupo básico (extremo N-terminal, K, R, H) aporta
+1 / (1 + 10pH − pKa)y cada grupo ácido (extremo C-terminal, D, E, C, Y) aporta−1 / (1 + 10pKa − pH). - Punto isoeléctrico (pI): el pH en el que la carga neta es 0, hallado por bisección entre pH 0 y 14.
- Coeficiente de extinción (método de Pace):
ε280 = 5,500 × nTrp + 1,490 × nTyr + 125 × nCistinaM⁻¹cm⁻¹.Abs 0.1% = ε / PMes la absorbancia de una solución de 1 g/L en una cubeta de 1 cm. - Concentración a partir de A280 (Beer–Lambert):
c (M) = A280 / (ε × longitud de paso), y mg/mL = M × PM. - GRAVY: el valor medio de hidropatía de Kyte–Doolittle de todos los residuos. Índice alifático:
A + 2.9 × V + 3.9 × (I + L), usando porcentajes molares.
Masas de residuo de los aminoácidos
| Aminoácido | Códigos | Masa media del residuo (Da) | Masa monoisotópica del residuo (Da) | Fórmula del residuo |
|---|---|---|---|---|
| Glicina | Gly, G | 57.0519 | 57.02146 | C2H3NO |
| Alanina | Ala, A | 71.0788 | 71.03711 | C3H5NO |
| Serina | Ser, S | 87.0782 | 87.03203 | C3H5NO2 |
| Prolina | Pro, P | 97.1167 | 97.05276 | C5H7NO |
| Valina | Val, V | 99.1326 | 99.06841 | C5H9NO |
| Treonina | Thr, T | 101.1051 | 101.04768 | C4H7NO2 |
| Cisteína | Cys, C | 103.1388 | 103.00919 | C3H5NOS |
| Leucina / Isoleucina | Leu L / Ile I | 113.1594 | 113.08406 | C6H11NO |
| Asparagina | Asn, N | 114.1038 | 114.04293 | C4H6N2O2 |
| Ácido aspártico | Asp, D | 115.0886 | 115.02694 | C4H5NO3 |
| Glutamina | Gln, Q | 128.1307 | 128.05858 | C5H8N2O2 |
| Lisina | Lys, K | 128.1741 | 128.09496 | C6H12N2O |
| Ácido glutámico | Glu, E | 129.1155 | 129.04259 | C5H7NO3 |
| Metionina | Met, M | 131.1926 | 131.04049 | C5H9NOS |
| Histidina | His, H | 137.1411 | 137.05891 | C6H7N3O |
| Fenilalanina | Phe, F | 147.1766 | 147.06841 | C9H9NO |
| Arginina | Arg, R | 156.1875 | 156.10111 | C6H12N4O |
| Tirosina | Tyr, Y | 163.1760 | 163.06333 | C9H9NO2 |
| Triptófano | Trp, W | 186.2132 | 186.07931 | C11H10N2O |
Consejos para obtener cifras fiables
- Usa la cadena madura. Elimina los péptidos señal, los propéptidos y las etiquetas que se escinden, o incluye una etiqueta His si permanece en la proteína que purificas.
- Las bandas de SDS-PAGE rara vez coinciden exactamente. La glicosilación o un alto contenido de prolina o de residuos cargados pueden hacer que una proteína migre un 10–20% lejos de su PM calculado.
- Revisa los puentes disulfuro. Cada puente disulfuro reduce la masa en 2.016 Da; para la EM de masa intacta de una proteína con 4 puentes disulfuro, resta unos 8.06 Da.
- ¿Partes de ADN? Traduce primero la secuencia codificante con el traductor de ADN a proteína y luego pega aquí la proteína.
Preguntas frecuentes
¿Cómo se calcula el peso molecular de una proteína?
El peso molecular es la suma de las masas de residuo de todos los aminoácidos de la cadena más una molécula de agua (18.015 Da de media) por el H del extremo N-terminal libre y el OH del extremo C-terminal. Las masas de residuo son las masas de los aminoácidos libres menos el agua, porque se pierde una molécula de agua por cada enlace peptídico formado.
¿Cuál es la diferencia entre la masa media y la monoisotópica?
La masa media usa la mezcla natural de isótopos de cada elemento y coincide con lo que se mide en conjunto, por ejemplo por filtración en gel o SDS-PAGE. La masa monoisotópica usa solo el isótopo más abundante (12C, 1H, 14N, 16O, 32S) y coincide con el primer pico de un espectro de masas de alta resolución.
¿Cómo convierto daltons a kilodaltons?
Divide entre 1,000. Una proteína de 14,313 Da tiene 14.3 kDa. Como estimación rápida, el residuo de aminoácido medio pesa unos 110 Da, así que una proteína de 300 residuos tiene aproximadamente 33 kDa.
¿Cómo se estima el coeficiente de extinción a 280 nm?
Con el método de Pace et al. (1995): ε280 = (número de Trp × 5,500) + (número de Tyr × 1,490) + (número de cistinas × 125) M⁻¹cm⁻¹. Una cistina es un par de cisteínas unidas por un puente disulfuro, así que el valor se muestra tanto con todas las Cys emparejadas como con todas las Cys reducidas. Las proteínas sin Trp ni Tyr no se pueden medir de forma fiable a 280 nm.
¿Por qué el pI difiere del de otras herramientas?
El pI teórico es el pH en el que la suma de las cargas de los extremos y de las cadenas laterales ionizables (D, E, C, Y, H, K, R) es cero. Cada herramienta usa valores de pKa distintos, así que el resultado puede variar unas décimas. Elige EMBOSS, Lehninger, DTASelect o Solomon para comparar. El pI real también depende del plegamiento y de las modificaciones.
¿Incluye modificaciones postraduccionales?
No. La masa corresponde a la cadena sin modificar tal como está escrita. Cada puente disulfuro resta 2.016 Da, la fosforilación añade unos 79.97 Da por sitio y la glicosilación puede añadir miles de daltons, así que ajusta a mano si tu proteína lleva modificaciones.
¿Se envía mi secuencia a algún sitio?
No. Todos los cálculos se hacen localmente en tu navegador, así que las secuencias confidenciales se quedan en tu dispositivo.
¿Se prueban todas las herramientas de FreeToolCabin para comprobar su calidad y precisión?
Sí. Cada herramienta del sitio pasa pruebas automáticas en navegadores reales para comprobar que el resultado es correcto y que no hay errores. Si encuentras un fallo o tienes una sugerencia, escríbenos a [email protected] y lo revisaremos.