Buscador de ORF (marcos de lectura abiertos)
Pega una secuencia de ADN o ARN para listar todos los marcos de lectura abiertos en los seis marcos. Define una longitud mínima, elige solo ATG o codones de inicio alternativos y el código genético, y haz clic en cualquier ORF para ver sus coordenadas exactas y su traducción a proteína.
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Mapa de ORF
ORF
Cómo usar Buscador de ORF (marcos de lectura abiertos)
- Pega tu ADN (simple, numerado, FASTA o ARN). Los espacios y los números se ignoran.
- Define la longitud mínima. 75 nt (25 codones) es un valor por defecto habitual; usa 300 nt o más para centrarte en genes probables.
- Elige los codones de inicio y el código genético. Usa la tabla 11 con inicios alternativos para bacterias, o la tabla 2 para ADN mitocondrial de vertebrados.
- Lee el mapa y la tabla. Las flechas muestran la dirección de cada ORF; las marcas grises son codones de stop en ese marco.
- Haz clic en un ORF para ver su proteína y su secuencia codificante, y luego cópialo o descarga todos los ORF en FASTA o CSV.
Cómo funciona la búsqueda de ORF
La herramienta lee cada uno de los seis marcos codón a codón. En modo ATG recuerda cada codón de inicio que encuentra y, cuando llega a un codón de stop en el mismo marco, informa del tramo desde el primer inicio hasta el stop incluido (o desde cada inicio, si se muestran los ORF anidados). En modo de stop a stop cuenta cada región entre dos codones de stop, lo que es útil para genes cortos o poco habituales y para encontrar la región codificante máxima posible. Los ORF más cortos que la longitud mínima se descartan.
Las coordenadas se trasladan a la secuencia que pegaste. Un ORF de la hebra negativa indicado como 900 → 478 empieza en la base 900 y avanza hacia la izquierda hasta la base 478, así que su secuencia codificante es el complemento inverso de las bases 478–900.
Codones de inicio y de stop en los códigos genéticos comunes
| Código genético (tabla del NCBI) | Codones de stop | Codones de inicio | Se usa para |
|---|---|---|---|
| 1 · Estándar | TAA, TAG, TGA | ATG (también CTG, TTG) | Genes nucleares de la mayoría de los eucariotas |
| 2 · Mitocondrial de vertebrados | TAA, TAG, AGA, AGG | ATG, ATA, ATT, ATC, GTG | ADNmt humano y de otros vertebrados (TGA = Trp) |
| 4 · Mohos, protozoos, Mycoplasma | TAA, TAG | ATG, ATA, ATT, ATC, TTA, TTG, CTG, GTG | Mycoplasma, Spiroplasma (TGA = Trp) |
| 5 · Mitocondrial de invertebrados | TAA, TAG | ATG, ATA, ATT, ATC, TTG, GTG | ADNmt de insectos y otros invertebrados |
| 6 · Nuclear de ciliados | TGA | ATG | Tetrahymena, Paramecium (TAA, TAG = Gln) |
| 11 · Bacteriano y de plastos | TAA, TAG, TGA | ATG, GTG, TTG, CTG, ATT, ATC, ATA | Bacterias, arqueas, cloroplastos |
Consejos para detectar genes reales
- La longitud es lo que más importa. En ADN aleatorio con un 50% de GC aproximadamente, un ORF de más de unos 100 codones es raro, así que los ORF largos son buenos candidatos a gen.
- Los genes eucariotas tienen intrones. Una secuencia genómica puede mostrar varios ORF cortos en lugar de uno largo. Usa secuencias de ARNm o ADNc para genes eucariotas.
- Revisa el contexto. Los genes bacterianos suelen tener un sitio de unión al ribosoma (similar a AGGAGG) unas bases antes del codón de inicio; muchos ARNm eucariotas tienen una secuencia Kozak como GCCACCATGG.
- Siguientes pasos: comprueba el tamaño y la carga de la proteína con la calculadora de peso molecular de proteínas o compárala con una proteína conocida con la herramienta de alineamiento de secuencias por pares.
Preguntas frecuentes
¿Qué es un marco de lectura abierto?
Un marco de lectura abierto (ORF) es un tramo de ADN que empieza con un codón de inicio, normalmente ATG, y continúa de tres en tres bases sin interrupción hasta un codón de stop (TAA, TAG o TGA en el código estándar). Como los codones de stop son frecuentes en una secuencia aleatoria, un ORF largo es un fuerte indicio de un gen codificante de proteínas.
¿Por qué hay seis marcos de lectura?
El ADN puede leerse empezando por la primera, la segunda o la tercera base, lo que da tres marcos en la hebra que pegaste (+1, +2, +3). La hebra opuesta se lee como complemento inverso, lo que da otros tres (−1, −2, −3). Los genes pueden estar en cualquiera de las dos hebras, así que se buscan los seis.
¿Cómo leo las posiciones de inicio y stop?
Las posiciones son coordenadas que empiezan en 1 sobre la secuencia que pegaste e incluyen el codón de stop. En los ORF de la hebra positiva, el inicio es menor que el stop. En los de la hebra negativa, el inicio es mayor que el stop porque el gen va de derecha a izquierda en tu secuencia.
¿Qué hace 'Ignorar ORF anidados'?
Puede haber varios ATG en el mismo marco antes del mismo codón de stop. Con la opción activada, solo se conserva el ORF más largo desde el primer ATG. Desactívala para listar cada inicio en marco como un ORF propio, lo que ayuda cuando el verdadero codón de inicio es incierto.
¿Qué longitud mínima de ORF debo usar?
En una secuencia aleatoria aparece un codón de stop por azar aproximadamente cada 21 codones, así que los ORF cortos son frecuentes. 75 nt es un valor útil para genes pequeños, de 150 a 300 nt elimina la mayoría de los ORF casuales, y los genes bacterianos suelen tener varios cientos de codones.
¿Qué son los codones de inicio alternativos?
Algunos organismos inician la traducción en codones distintos de ATG. En bacterias (código genético 11), GTG y TTG son inicios bastante comunes, y los códigos mitocondriales permiten otros como ATA. El primer codón se sigue traduciendo como metionina cuando actúa como inicio.
¿Se sube mi secuencia?
No. Toda la búsqueda se ejecuta en tu navegador, así que las secuencias no publicadas nunca salen de tu equipo.
¿Se prueban todas las herramientas de FreeToolCabin para comprobar su calidad y precisión?
Sí. Cada herramienta del sitio pasa pruebas automáticas en navegadores reales para comprobar que el resultado es correcto y que no hay errores. Si encuentras un fallo o tienes una sugerencia, escríbenos a [email protected] y lo revisaremos.