Buscador de enzimas de restricción
Pega una secuencia de ADN para ver dónde la cortan más de 180 enzimas de restricción habituales. Filtra las enzimas de corte único o las que no cortan, consulta un mapa de sitios y marca enzimas para obtener los tamaños de los fragmentos de la digestión y un gel virtual para ADN lineal o circular.
Última actualización:
Mapa de sitios
Enzimas
Marca enzimas para digerir la secuencia abajo. Las posiciones son la última base antes del corte en la hebra superior.
Digestión: tamaños de los fragmentos
Cómo usar Buscador de enzimas de restricción
- Pega tu ADN (simple, numerado o FASTA). Elige Lineal para productos de PCR y fragmentos, y Circular para plásmidos.
- Elige qué mostrar: las enzimas de corte único son las mejores para clonar; las que no cortan te indican qué enzimas dejan intacto un inserto.
- Acota la lista por longitud del sitio, tipo de extremo o nombre de la enzima.
- Marca una o varias enzimas en la tabla o haz clic en las etiquetas del mapa para simular una digestión.
- Lee los tamaños de los fragmentos y compara el gel virtual con el real, y luego copia o descarga la lista.
Cómo se calculan los sitios de restricción y los fragmentos
Las enzimas de restricción de tipo II reconocen una secuencia corta de ADN, normalmente de 4 a 8 bases, y cortan ambas hebras en posiciones fijas. La mayoría de los sitios son palíndromos: la hebra superior leída 5′→3′ es igual que la hebra inferior leída 5′→3′ (GAATTC para EcoRI). Para los sitios no palindrómicos, incluidas las enzimas de tipo IIS como BsaI que cortan fuera de su sitio, la herramienta también busca el complemento inverso para encontrar los sitios de la hebra opuesta.
Para una molécula lineal de longitud L con cortes en las posiciones c1 < c2 < … < ck, los fragmentos miden c1, c2 − c1, …, L − ck pares de bases: siempre k + 1 fragmentos. Una molécula circular con k cortes da k fragmentos, y el último va desde ck dando la vuelta hasta c1. En ADN aleatorio, un sitio concreto de 4 bases aparece aproximadamente una vez cada 256 bp, uno de 6 bases una vez cada 4,096 bp y uno de 8 bases una vez cada 65,536 bp.
Enzimas de clonación habituales
| Enzima | Sitio (^ = corte) | Extremos | Notas |
|---|---|---|---|
| EcoRI | G^AATTC | 5′ protuberante AATT | Enzima clásica de MCS |
| BamHI | G^GATCC | 5′ protuberante GATC | Extremos compatibles con BglII y BclI |
| HindIII | A^AGCTT | 5′ protuberante AGCT | A menudo se combina con EcoRI para la clonación direccional |
| XhoI | C^TCGAG | 5′ protuberante TCGA | Extremos compatibles con SalI |
| NotI | GC^GGCCGC | 5′ protuberante GGCC | Corte infrecuente de 8 bases |
| PstI | CTGCA^G | 3′ protuberante TGCA | Ejemplo de extremo 3′ protuberante |
| KpnI / Acc65I | GGTAC^C / G^GTACC | 3′ / 5′ protuberante | Mismo sitio, distinto corte (neoesquizómeros) |
| EcoRV | GAT^ATC | Romo | Clonación de extremos romos |
| SmaI / XmaI | CCC^GGG / C^CCGGG | Romo / 5′ protuberante | Mismo sitio, distintos extremos |
| BsaI | GGTCTC(1/5) | 5′ protuberante, 4 nt | Tipo IIS, se usa en el ensamblaje Golden Gate |
Consejos para planificar una digestión
- Clonación direccional: elige dos enzimas distintas de corte único en el sitio de clonación del vector que tampoco corten tu inserto.
- Añadir sitios a los cebadores: comprueba primero el inserto con "No cortan" y luego añade 4–6 bases adicionales en 5′ del sitio para que la enzima pueda cortar cerca del extremo de un producto de PCR.
- Digestiones diagnósticas: elige una combinación de enzimas que dé 2–4 fragmentos de tamaños claramente distintos entre 300 bp y 5 kb, fáciles de separar en un gel de agarosa al 1%.
- Comprueba el marco de lectura de tu inserto con el buscador de ORF y la composición general con la calculadora de contenido GC.
Preguntas frecuentes
¿Cómo funciona el buscador de enzimas de restricción?
La secuencia de reconocimiento de cada enzima se busca en la hebra superior y, en los sitios no palindrómicos, también como su complemento inverso, para encontrar los sitios de la hebra inferior. Las letras degeneradas siguen las reglas IUPAC, por ejemplo N = cualquier base y R = A o G. La posición de corte se obtiene del punto de corte conocido de la enzima respecto a su sitio.
¿Qué significan las posiciones de corte?
Una posición es la última base antes del corte en la hebra superior. EcoRI corta G^AATTC, así que un sitio que empieza en la base 101 se indica en 101. La tabla de fragmentos usa las mismas coordenadas, empezando en 1.
¿Qué es una enzima de corte único y por qué importa?
Una enzima de corte único corta la secuencia exactamente una vez. En un plásmido abre el círculo en un solo punto, que es lo que quieres para insertar un fragmento. Dos enzimas de corte único distintas en un sitio de clonación múltiple permiten la clonación direccional.
¿Qué son los extremos 5′ protuberantes, 3′ protuberantes y romos?
Cuando las dos hebras se cortan en puntos distintos, la enzima deja extremos cohesivos de una sola hebra: un extremo 5′ protuberante (EcoRI, BamHI) o un extremo 3′ protuberante (PstI, KpnI). Si ambas hebras se cortan en el mismo punto, como con EcoRV o SmaI, los extremos son romos. El número indica cuántas bases sobresalen.
¿Cómo se tratan las secuencias circulares?
En el modo circular la búsqueda continúa al llegar al final de la secuencia, así que se encuentra un sitio que abarca las últimas y las primeras bases. Con N cortes, un círculo da N fragmentos; un solo corte simplemente lo linealiza. Los plásmidos superenrollados sin cortar migran de forma distinta al ADN lineal en un gel real.
¿Tiene en cuenta la metilación del ADN o la actividad estrella?
No. Los resultados muestran todas las coincidencias de secuencia. En la práctica, la metilación Dam o Dcm puede bloquear algunas enzimas (por ejemplo, sitios de XbaI o ClaI que se solapan con GATC), y la actividad estrella puede crear cortes adicionales en condiciones de tampón inadecuadas, así que consulta las notas del proveedor para trabajos críticos.
¿Se sube mi secuencia?
No. La búsqueda, el mapa, la digestión y el gel se calculan en tu navegador; no se envía nada a ningún servidor.
¿Se prueban todas las herramientas de FreeToolCabin para comprobar su calidad y precisión?
Sí. Cada herramienta del sitio pasa pruebas automáticas en navegadores reales para comprobar que el resultado es correcto y que no hay errores. Si encuentras un fallo o tienes una sugerencia, escríbenos a [email protected] y lo revisaremos.