Calculadora de contenido GC
Pega una secuencia de ADN o ARN, o un archivo FASTA con varios registros, para obtener su porcentaje de GC y AT, el recuento exacto de bases, el sesgo GC y el GC en cada posición del codón. Un gráfico de ventana deslizante muestra dónde están las regiones ricas en GC y ricas en AT.
Última actualización:
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Composición de bases
GC por posición del codón
Marco de lectura +1 desde la primera base. GC3 se usa a menudo para comparar el uso de codones entre genes.
Contenido GC por ventana deslizante
Sesgo GC (G − C) / (G + C)
Todos los registros FASTA
Cómo usar Calculadora de contenido GC
- Pega tu secuencia. Funcionan el texto simple, las líneas numeradas estilo GenBank y FASTA (uno o varios registros); los espacios y dígitos se ignoran.
- Lee las tarjetas de resumen con el % GC, % AT, la longitud y el sesgo. El recuento de bases y el GC por posición del codón aparecen debajo.
- Ajusta la ventana y el paso del gráfico de ventana deslizante. Las ventanas pequeñas muestran detalle local; las grandes suavizan el ruido.
- Pasa el cursor o toca los gráficos para leer el % GC y el sesgo de cualquier ventana.
- Elige otro registro de la lista o de la tabla resumen si pegaste un archivo multi-FASTA.
- Descarga el CSV de ventanas o copia el resumen para tus notas.
Fórmulas del contenido GC y del sesgo GC
El contenido GC es la proporción de guanina y citosina entre las bases de una secuencia de ADN o ARN:
% GC = (G + C) / (A + T + G + C) × 100 y % AT = (A + T) / (A + T + G + C) × 100
En el ARN, U ocupa el lugar de T. Como G se empareja con C mediante tres puentes de hidrógeno y A con T mediante dos, el ADN rico en GC es más estable, se funde a mayor temperatura y puede ser más difícil de amplificar por PCR o de secuenciar de forma uniforme.
El sesgo GC compara las dos bases en una cadena: (G − C) / (G + C). Va de −1 (solo C) a +1 (solo G). La herramienta también dibuja el total acumulado de G − C desde la primera base. En muchos cromosomas bacterianos la cadena líder es rica en G, así que esta curva acumulada alcanza su punto más bajo cerca del origen de replicación y el más alto cerca del término.
Ejemplo resuelto
Para la secuencia de 20 bases ATGGCGTACGCTAGCTTAGC: A = 4, T = 5, G = 6, C = 5. GC = 11 de 20 bases, así que el contenido GC = 55.00% y el contenido AT = 45.00%. Sesgo GC = (6 − 5) / (6 + 5) = +0.0909, y sesgo AT = (4 − 5) / (4 + 5) = −0.1111.
Rangos típicos de contenido GC
| Tipo de secuencia | Contenido GC aproximado | Notas |
|---|---|---|
| Genoma humano (completo) | aprox. 41% | Varía según la región; las regiones con muchos genes son más ricas en GC |
| Islas CpG | más del 50% (a menudo 60–70%) | Se suelen definir en ventanas de 200 bp o más con una alta proporción de CpG |
| Escherichia coli K-12 | aprox. 51% | Casi equilibrado |
| Plasmodium falciparum | aprox. 19% | Uno de los genomas más ricos en AT que se conocen |
| Especies de Streptomyces | aprox. 70–72% | Bacterias del suelo muy ricas en GC |
| Cebadores de PCR | 40–60% recomendado | Ayuda a mantener la Tm en un rango útil y evita la unión inespecífica |
Consejos
- Cebadores: busca un 40–60% de GC con una G o C en las últimas una o dos bases (una "pinza GC") y luego comprueba la temperatura de fusión con la Calculadora de Tm de cebadores.
- Encontrar genes: las regiones codificantes suelen tener un contenido GC distinto (sobre todo GC3) del ADN circundante. Combina el gráfico de ventanas con el Buscador de ORF.
- La cadena importa para el sesgo, no para el % GC: el complemento inverso tiene exactamente el mismo contenido GC pero el sesgo GC opuesto.
- ¿Gráfico con ruido? Aumenta el tamaño de ventana. Un gráfico con picos y ventanas muy pequeñas es normal, porque unas pocas bases cambian mucho el porcentaje.
Preguntas frecuentes
¿Cómo se calcula el contenido GC?
Contenido GC = (G + C) / (A + T + G + C) × 100. Por ejemplo, ATGCGC tiene 4 bases G o C de 6, así que su contenido GC es 66.67%. El contenido AT es simplemente 100% menos el contenido GC cuando solo hay A, T, G y C.
¿Cómo se tratan N y otras bases ambiguas?
Por defecto se excluyen del denominador, para que una serie de N en un ensamblaje sin terminar no reduzca el % GC. S (G o C) se cuenta como GC y W (A o T) como AT porque se conoce su clase. Puedes desactivar cualquiera de los dos comportamientos en las opciones.
¿Qué es el sesgo GC?
Sesgo GC = (G − C) / (G + C), medido en una ventana. Es positivo donde G supera a C en la cadena que pegaste. En muchas bacterias el sesgo cambia de signo en el origen y el término de la replicación, así que el mínimo y el máximo de la curva acumulada G − C se usan para estimar dónde están.
¿Qué tamaño de ventana debo usar?
Para genes y plásmidos de unas pocas kilobases, funciona bien una ventana de 50 a 200 bp con un paso de 10 a 25 bp. Para genomas bacterianos completos, usa ventanas de 1,000 a 10,000 bp. La ventana debe ser más corta que la secuencia; si no lo es, la herramienta muestra una sola ventana que lo cubre todo.
¿Qué son GC1, GC2 y GC3?
Son el contenido GC en la primera, segunda y tercera posición de cada codón, contadas en el marco de lectura +1 desde la primera base. GC3 es el que más varía entre genes y especies porque muchos cambios en la tercera posición no cambian el aminoácido, por lo que es una medida habitual del sesgo en el uso de codones.
¿Por qué importa el contenido GC?
Los pares GC forman tres puentes de hidrógeno frente a dos de AT, así que el ADN rico en GC tiene una temperatura de fusión más alta. El contenido GC afecta al diseño de cebadores de PCR y a la cobertura de secuenciación, y es un rasgo clásico para comparar genomas, que van desde menos del 25% hasta más del 70% de GC.
¿Se sube mi secuencia?
No. Todo el recuento y los gráficos se hacen en tu navegador, así que las secuencias no publicadas nunca salen de tu dispositivo.
¿Se prueban todas las herramientas de FreeToolCabin para comprobar su calidad y precisión?
Sí. Cada herramienta del sitio pasa pruebas automáticas en navegadores reales para comprobar que el resultado es correcto y que no hay errores. Si encuentras un fallo o tienes una sugerencia, escríbenos a [email protected] y lo revisaremos.